Nama "Widoro" secara turun-temurun diyakini berasal dari nama sebuah tanaman, yaitu Pohon Widara (Ziziphus mauritiana). Pada masa awal pembukaan lahan (babat alas), wilayah ini merupakan kawasan hutan yang banyak ditumbuhi pohon Widara yang rimbun dan berduri.

Dalam filosofi Jawa, pohon Widara sering dianggap sebagai tanaman yang memiliki khasiat penyembuhan dan perlindungan dari energi negatif. Masyarakat terdahulu kemudian menggunakan nama tumbuhan yang dominan di sana sebagai penanda wilayah, hingga akhirnya melekat menjadi nama "Desa Widoro".

Sejarah Desa Widoro tidak lepas dari sosok Cikal Bakal atau tokoh perintis. Konon, para pembuka lahan di desa ini adalah para pengembara dan prajurit dari kerajaan di Jawa Tengah (sering dikaitkan dengan trah Mataram) yang mencari perlindungan atau menyebarkan agama Islam setelah berakhirnya masa peperangan besar.

Para tokoh perintis ini memilih Widoro karena letaknya yang strategis—dekat dengan pusat pemerintahan (Kota Pacitan) namun memiliki ketersediaan air yang cukup untuk bertani. Mereka membangun pemukiman sederhana dan mulai menata sistem kemasyarakatan yang berbasis gotong royong.

Memasuki era modern, Desa Widoro bertransformasi menjadi desa yang mandiri. Dengan pembagian wilayah yang terdiri dari beberapa dusun, desa ini berhasil menyeimbangkan antara kemajuan infrastruktur dengan kelestarian alam. Keberadaan persawahan yang hijau di tengah perkembangan kota Pacitan menjadikan Widoro sebagai salah satu penyangga pangan dan kawasan hunian yang asri.